LOCUS AEC07446.1 662 aa PRT PLN 23-MAR-2023
DEFINITION Arabidopsis thaliana poly(A) binding protein 4 protein.
ACCESSION CP002685-2782
PROTEIN_ID AEC07446.1
SOURCE Arabidopsis thaliana (thale cress)
ORGANISM Arabidopsis thaliana
Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
Spermatophyta; Magnoliopsida; eudicotyledons; Gunneridae;
Pentapetalae; rosids; malvids; Brassicales; Brassicaceae;
Camelineae; Arabidopsis.
REFERENCE 1 (bases 1 to 19698289)
AUTHORS Lin,X., Kaul,S., Rounsley,S., Shea,T.P., Benito,M.I., Town,C.D.,
Fujii,C.Y., Mason,T., Bowman,C.L., Barnstead,M., Feldblyum,T.V.,
Buell,C.R., Ketchum,K.A., Lee,J., Ronning,C.M., Koo,H.L.,
Moffat,K.S., Cronin,L.A., Shen,M., Pai,G., Van Aken,S., Umayam,L.,
Tallon,L.J., Gill,J.E., Adams,M.D., Carrera,A.J., Creasy,T.H.,
Goodman,H.M., Somerville,C.R., Copenhaver,G.P., Preuss,D.,
Nierman,W.C., White,O., Eisen,J.A., Salzberg,S.L., Fraser,C.M. and
Venter,J.C.
TITLE Sequence and analysis of chromosome 2 of the plant Arabidopsis
thaliana
JOURNAL Nature 402 (6763), 761-768 (1999)
PUBMED 10617197
REFERENCE 2 (bases 1 to 19698289)
AUTHORS Swarbreck,D., Lamesch,P., Wilks,C. and Huala,E.
CONSRTM TAIR
TITLE Direct Submission
JOURNAL Submitted (18-FEB-2011) Department of Plant Biology, Carnegie
Institution, 260 Panama Street, Stanford, CA, USA
REFERENCE 3 (bases 1 to 19698289)
AUTHORS Krishnakumar,V., Cheng,C.-Y., Chan,A.P., Schobel,S., Kim,M.,
Ferlanti,E.S., Belyaeva,I., Rosen,B.D., Micklem,G., Miller,J.R.,
Vaughn,M. and Town,C.D.
TITLE Direct Submission
JOURNAL Submitted (17-MAY-2016) Plant Genomics, J. Craig Venter Institute,
9704 Medical Center Dr, Rockville, MD 20850, USA
REMARK Protein update by submitter
FEATURES Qualifiers
source /organism="Arabidopsis thaliana"
/mol_type="genomic DNA"
/db_xref="taxon:3702"
/chromosome="2"
/ecotype="Columbia"
protein /gene="PAB4"
/locus_tag="AT2G23350"
/gene_synonym="PABP4"
/gene_synonym="poly(A) binding protein 4"
/gene_synonym="POLY(A) BINDING PROTEIN 4"
/gene_synonym="T20D16.2"
/gene_synonym="T20D16_2"
/inference="Similar to RNA sequence,
EST:INSD:BP832381.1,INSD:AV783295.1,INSD:AV803589.1,
INSD:ES061497.1,INSD:ES071163.1,INSD:BP835595.1,
INSD:BP640253.1,INSD:ES048844.1,INSD:EL328528.1,
INSD:BP784552.1,INSD:EH942422.1,INSD:ES192415.1,
INSD:AV547215.1,INSD:BP590075.1,INSD:ES148338.1,
INSD:AV529024.1,INSD:EH946892.1,INSD:EL241058.1,
INSD:ES147984.1,INSD:ES163759.1,INSD:AV521681.1,
INSD:AV538630.1,INSD:AV831743.1,INSD:ES140938.1,
INSD:ES198586.1,INSD:ES115213.1,INSD:BP778958.1,
INSD:EL276222.1,INSD:ES057151.1,INSD:EL046978.1,
INSD:BP781448.1,INSD:ES211299.1,INSD:DR244327.1,
INSD:ES026896.1,INSD:BP859101.1,INSD:BP788649.1,
INSD:ES020323.1,INSD:EL222357.1,INSD:ES067175.1,
INSD:EL112063.1,INSD:EL201261.1,INSD:BP828771.1,
INSD:EL014905.1,INSD:EL019391.1,INSD:ES072156.1,
INSD:BP821518.1,INSD:EG522575.1,INSD:ES162438.1,
INSD:ES047328.1,INSD:ES043255.1,INSD:ES065541.1,
INSD:EH862968.1,INSD:AV794004.1,INSD:ES105670.1,
INSD:BP623432.1,INSD:EL061377.1,INSD:ES177750.1,
INSD:ES113976.1,INSD:EL038330.1,INSD:ES128994.1,
INSD:AV550925.1,INSD:BP849997.1,INSD:ES208020.1,
INSD:ES105310.1,INSD:ES126458.1,INSD:EL031189.1,
INSD:ES190794.1,INSD:ES043967.1,INSD:ES141755.1,
INSD:DR244324.1,INSD:BP827762.1,INSD:EL317049.1,
INSD:ES037433.1,INSD:ES185542.1,INSD:EL022390.1,
INSD:EL144430.1,INSD:ES215739.1,INSD:BP777547.1,
INSD:EH976638.1,INSD:ES081531.1,INSD:ES027348.1,
INSD:ES025228.1,INSD:BP780670.1,INSD:EL025493.1,
INSD:DR244332.1,INSD:EL228033.1,INSD:EL147129.1,
INSD:ES074358.1,INSD:EL124279.1,INSD:ES097411.1,
INSD:BP636857.1,INSD:EG522577.1,INSD:ES141794.1,
INSD:ES063444.1,INSD:ES040841.1,INSD:EH987346.1,
INSD:EL201631.1,INSD:ES068536.1,INSD:ES204452.1,
INSD:EL968443.1,INSD:EH880285.1,INSD:DR244330.1,
INSD:EH838913.1,INSD:BP832145.1,INSD:ES174275.1,
INSD:DR244331.1,INSD:ES129679.1,INSD:ES118509.1,
INSD:ES009002.1,INSD:ES031809.1,INSD:EL000798.1,
INSD:ES006305.1,INSD:ES174276.1,INSD:BP807079.1,
INSD:AV541587.1,INSD:EL975247.1,INSD:ES091745.1,
INSD:EL305439.1,INSD:BP837825.1,INSD:EH875478.1,
INSD:ES029817.1,INSD:ES066325.1,INSD:BP824322.1,
INSD:BP849308.1,INSD:BP802578.1,INSD:BP795489.1,
INSD:ES063348.1,INSD:ES185209.1,INSD:ES092542.1,
INSD:EL307089.1,INSD:ES019351.1,INSD:EH985459.1,
INSD:ES111536.1,INSD:ES081171.1,INSD:ES103419.1,
INSD:ES118496.1,INSD:EL322688.1,INSD:AV562891.1,
INSD:ES020451.1,INSD:ES198109.1,INSD:AV553943.1,
INSD:AV538617.1,INSD:EH989765.1,INSD:EL995856.1,
INSD:ES013169.1,INSD:BP821361.1,INSD:BP833246.1,
INSD:EH871930.1,INSD:ES018775.1,INSD:ES139700.1,
INSD:ES157436.1,INSD:BP669421.1,INSD:ES172825.1,
INSD:BP818150.1,INSD:EH953883.1,INSD:ES021224.1,
INSD:ES158413.1,INSD:EL330112.1,INSD:DR244325.1,
INSD:BP786444.1,INSD:EL984549.1,INSD:ES110047.1,
INSD:ES027525.1,INSD:ES131494.1,INSD:BP642378.1,
INSD:BP655509.1,INSD:ES001678.1,INSD:ES006312.1,
INSD:ES017433.1,INSD:EL090753.1,INSD:ES130694.1,
INSD:ES144024.1,INSD:AV822510.1,INSD:DR245023.1,
INSD:ES101429.1,INSD:BP833390.1,INSD:CB185638.1,
INSD:EL211212.1,INSD:ES021727.1,INSD:ES062974.1,
INSD:ES134004.1,INSD:AV549586.1,INSD:ES037209.1,
INSD:EH976103.1,INSD:ES026443.1,INSD:EL261285.1,
INSD:ES039919.1,INSD:EL180066.1,INSD:ES018860.1,
INSD:ES031104.1,INSD:EL141662.1,INSD:ES038539.1,
INSD:BP648641.1,INSD:EH872113.1,INSD:ES127078.1,
INSD:EL024028.1,INSD:EL178739.1,INSD:EL183095.1,
INSD:BP823899.1,INSD:ES137845.1,INSD:BP781689.1,
INSD:EL274601.1,INSD:ES164435.1,INSD:ES179291.1,
INSD:BP620023.1,INSD:ES012697.1,INSD:BP808599.1,
INSD:EL274762.1,INSD:AI999177.1,INSD:ES049363.1,
INSD:Z26571.1,INSD:BP650871.1,INSD:ES102982.1,
INSD:BP595153.1,INSD:CK119698.1,INSD:BP659572.1,
INSD:AV539873.1,INSD:BP780943.1,INSD:ES071140.1,
INSD:AV791178.1,INSD:ES017173.1,INSD:ES165243.1,
INSD:ES023880.1,INSD:ES111894.1,INSD:ES108823.1,
INSD:ES131668.1,INSD:DR244329.1,INSD:BP579899.1,
INSD:CK117976.1,INSD:EH852980.1,INSD:AV538419.1,
INSD:BP805601.1,INSD:ES003977.1,INSD:AV550693.1,
INSD:ES029255.1,INSD:AV791365.1,INSD:ES116415.1,
INSD:BP646008.1,INSD:ES171618.1,INSD:DR373562.1,
INSD:ES052956.1,INSD:AV791191.1,INSD:ES027977.1,
INSD:EH830248.1,INSD:BP582614.1,INSD:EH802508.1,
INSD:EL221459.1,INSD:ES078246.1,INSD:ES166129.1,
INSD:ES037511.1,INSD:ES130900.1,INSD:EH834881.1,
INSD:EL274696.1,INSD:BP785013.1,INSD:BP838829.1,
INSD:ES184246.1,INSD:ES105414.1,INSD:EL010085.1,
INSD:ES160139.1,INSD:ES019918.1,INSD:EL012868.1,
INSD:BP816104.1,INSD:EH854539.1,INSD:EH878235.1,
INSD:EL258345.1,INSD:EH932211.1,INSD:ES200356.1,
INSD:DR373609.1,INSD:ES085843.1,INSD:EH934618.1,
INSD:ES031916.1,INSD:ES213762.1,INSD:BP834562.1,
INSD:EL238113.1,INSD:EL076852.1,INSD:ES058237.1,
INSD:ES124801.1,INSD:ES168614.1,INSD:BP837263.1,
INSD:EL183483.1,INSD:AV798185.1,INSD:EH832839.1,
INSD:ES045290.1,INSD:EH802313.1,INSD:ES149212.1,
INSD:ES121655.1,INSD:ES001185.1,INSD:EL127200.1,
INSD:ES014630.1,INSD:ES027946.1,INSD:DR244326.1,
INSD:BP795991.1,INSD:BP656222.1,INSD:BP811560.2,
INSD:EL039176.1,INSD:ES125082.1,INSD:AI993330.1,
INSD:EL975534.1,INSD:ES022320.1,INSD:EH913650.1,
INSD:DR244328.1,INSD:ES034311.1,INSD:T76243.1,
INSD:AV527027.1,INSD:BP826882.1,INSD:ES001704.1,
INSD:EL250324.1,INSD:ES077694.1,INSD:ES028335.1,
INSD:BP605338.1,INSD:BP820366.1,INSD:ES130119.1,
INSD:BP838268.1,INSD:EL993008.1,INSD:EL969322.1,
INSD:BP823849.1,INSD:EH892187.1,INSD:EL269480.1,
INSD:ES089291.1"
/inference="similar to RNA sequence,
mRNA:INSD:AY050859.1,INSD:AF360217.1,INSD:AY079389.1,
INSD:BX821408.1,INSD:AK221946.1"
/note="poly(A) binding protein 4 (PAB4); FUNCTIONS IN: RNA
binding, translation initiation factor activity; INVOLVED
IN: response to cadmium ion; EXPRESSED IN: 24 plant
structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS
InterPro DOMAIN/s: Polyadenylate-binding
protein/Hyperplastic disc protein (InterPro:IPR002004),
RNA recognition motif, RNP-1 (InterPro:IPR000504),
Polyadenylate binding protein, human types 1, 2, 3, 4
(InterPro:IPR006515), Nucleotide-binding, alpha-beta plait
(InterPro:IPR012677); BEST Arabidopsis thaliana protein
match is: poly(A) binding protein 2 (TAIR:AT4G34110.1);
Has 520413 Blast hits to 486687 proteins in 21592 species:
Archae - 10501; Bacteria - 294432; Metazoa - 110769; Fungi
- 17969; Plants - 36260; Viruses - 34479; Other Eukaryotes
- 16003 (source: NCBI BLink)."
/db_xref="Araport:AT2G23350"
/db_xref="TAIR:AT2G23350"
intron_pos 100:1 (1/8)
intron_pos 140:0 (2/8)
intron_pos 359:0 (3/8)
intron_pos 385:0 (4/8)
intron_pos 415:0 (5/8)
intron_pos 460:0 (6/8)
intron_pos 516:0 (7/8)
intron_pos 577:0 (8/8)
BEGIN
1 MAQVQAPSSH SPPPPAVVND GAATASATPG IGVGGGGDGV THGALCSLYV GDLDFNVTDS
61 QLYDYFTEVC QVVSVRVCRD AATNTSLGYG YVNYSNTDDA EKAMQKLNYS YLNGKMIRIT
121 YSSRDSSARR SGVGNLFVKN LDKSVDNKTL HEAFSGCGTI VSCKVATDHM GQSRGYGFVQ
181 FDTEDSAKNA IEKLNGKVLN DKQIFVGPFL RKEERESAAD KMKFTNVYVK NLSEATTDDE
241 LKTTFGQYGS ISSAVVMRDG DGKSRCFGFV NFENPEDAAR AVEALNGKKF DDKEWYVGKA
301 QKKSERELEL SRRYEQGSSD GGNKFDGLNL YVKNLDDTVT DEKLRELFAE FGTITSCKVM
361 RDPSGTSKGS GFVAFSAASE ASRVLNEMNG KMVGGKPLYV ALAQRKEERR AKLQAQFSQM
421 RPAFIPGVGP RMPIFTGGAP GLGQQIFYGQ GPPPIIPHQP GFGYQPQLVP GMRPAFFGGP
481 MMQPGQQGPR PGGRRSGDGP MRHQHQQPMP YMQPQMMPRG RGYRYPSGGR NMPDGPMPGG
541 MVPVAYDMNV MPYSQPMSAG QLATSLANAT PAQQRTLLGE SLYPLVDQIE SEHAAKVTGM
601 LLEMDQTEVL HLLESPEALN AKVSEALDVL RNVNQPSSQG SEGNKSGSPS DLLASLSIND
661 HL
//